| 3. Round | 26/10/2016 | KF Shkëndija 79 | - | KF Shkupi | 0:1 | ||||
| 12. Round | 30/10/2016 | KF Shkupi | - | KF Shkëndija 79 | 0:0 | ||||
| 13. Round | 05/11/2016 | FK Pobeda Junior | - | KF Shkëndija 79 | 1:2 | ||||
| 14. Round | 16/11/2016 | KF Shkëndija 79 | - | FK Bregalnica Štip | 5:2 | ||||
| 15. Round | 20/11/2016 | Makedonija GP | - | KF Shkëndija 79 | 0:4 | ||||
| 16. Round | 27/11/2016 | KF Shkëndija 79 | - | FK Rabotnički | 2:2 |  |
|||
| 17. Round | 30/11/2016 | FK Renova | - | KF Shkëndija 79 | 1:2 | ||||
| 18. Round | 04/12/2016 | KF Shkëndija 79 | - | FK Pelister | 1:0 | ||||
| 19. Round | 19/02/2017 | KF Shkëndija 79 | - | Sileks Kratovo | 2:0 | ||||
| 20. Round | 26/02/2017 | Vardar Skopje | - | KF Shkëndija 79 | 3:1 | ||||
| 21. Round | 05/03/2017 | KF Shkëndija 79 | - | KF Shkupi | 0:0 | ||||
| 22. Round | 12/03/2017 | KF Shkëndija 79 | - | FK Pobeda Junior | 4:0 | ||||
| 23. Round | 18/03/2017 | FK Bregalnica Štip | - | KF Shkëndija 79 | 1:3 | ||||
| 24. Round | 02/04/2017 | KF Shkëndija 79 | - | Makedonija GP | 5:1 | ||||
| 25. Round | 05/04/2017 | FK Rabotnički | - | KF Shkëndija 79 | 1:0 | ||||
| 26. Round | 09/04/2017 | KF Shkëndija 79 | - | FK Renova | 1:1 | ||||
| 27. Round | 15/04/2017 | FK Pelister | - | KF Shkëndija 79 | 0:1 |
North Macedonia