| 1. Round | 31/01/2010 | Deportivo Pereira | - | Atlético Junior | 2:2 | ||||
| 2. Round | 07/02/2010 | Atlético Junior | - | La Equidad | 2:0 |  |
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| 3. Round | 14/02/2010 | Deportes Tolima | - | Atlético Junior | 2:2 | |
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| 4. Round | 18/02/2010 | Atlético Junior | - | Millonarios | 2:0 | ||||
| 5. Round | 20/02/2010 | Atlético Nacional | - | Atlético Junior | 1:0 | |
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| 6. Round | 28/02/2010 | Atlético Junior | - | Deportivo Cali | 3:0 | ||||
| 8. Round | 06/03/2010 | Independiente Medellín | - | Atlético Junior | 1:1 | ||||
| 9. Round | 21/03/2010 | Atlético Junior | - | Real Cartagena | 0:3 | ||||
| 10. Round | 28/03/2010 | Atlético Junior | - | Cúcuta Deportivo | 2:0 | |
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| 11. Round | 04/04/2010 | Once Caldas | - | Atlético Junior | 1:0 | |
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| 14. Round | 18/04/2010 | Atlético Junior | - | Santa Fe | 2:0 | |
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| 17. Round | 09/05/2010 | Real Cartagena | - | Atlético Junior | 1:0 | ||||
| 18. Round | 16/05/2010 | Atlético Junior | - | Envigado FC | 2:0 |
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