| 1. Round | 07/09/2016 | KF Skënderbeu | - | Flamurtari Vlorë | 2:1 | ||||
| 2. Round | 11/09/2016 | KS Korabi Peshkopi | - | KF Skënderbeu | 0:2 | ||||
| 3. Round | 17/09/2016 | KF Skënderbeu | - | KF Laçi | 1:0 | ||||
| 4. Round | 24/09/2016 | KF Skënderbeu | - | Luftëtari Gjirokastër | 1:0 |  |
|||
| 5. Round | 01/10/2016 | KF Skënderbeu | - | FK Vllaznia | 3:0 | ||||
| 6. Round | 12/10/2016 | KF Skënderbeu | - | KF Teuta Durrës | 1:0 | ||||
| 7. Round | 16/10/2016 | KF Tiranë | - | KF Skënderbeu | 2:1 | ||||
| 9. Round | 30/10/2016 | FK Partizani | - | KF Skënderbeu | 0:0 | ||||
| 10. Round | 05/11/2016 | Flamurtari Vlorë | - | KF Skënderbeu | 2:0 | ||||
| 11. Round | 20/11/2016 | KF Skënderbeu | - | KS Korabi Peshkopi | 1:0 | ||||
| 12. Round | 26/11/2016 | KF Laçi | - | KF Skënderbeu | 0:1 | ||||
| 13. Round | 30/11/2016 | Luftëtari Gjirokastër | - | KF Skënderbeu | 0:0 | ||||
| 20. Round | 06/02/2017 | KS Korabi Peshkopi | - | KF Skënderbeu | 0:1 | ||||
| 26. Round | 17/03/2017 | KF Skënderbeu | - | FK Kukësi | 1:1 |
Japan