| 2. Round | 10/07/2016 | Atlético Nacional | - | Jaguares de Córdoba | 2:1 |  |
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| 4. Round | 17/07/2016 | Atlético Nacional | - | Deportes Tolima | 2:2 | ||||
| 5. Round | 24/07/2016 | Fortaleza FC | - | Atlético Nacional | 0:1 | ||||
| 6. Round | 31/07/2016 | Deportivo Cali | - | Atlético Nacional | 1:0 | |
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| 7. Round | 08/08/2016 | Atlético Nacional | - | Once Caldas | 1:0 | ||||
| 9. Round | 22/08/2016 | Atlético Nacional | - | Millonarios | 1:0 | ||||
| 14. Round | 24/09/2016 | Atlético Nacional | - | Cortuluá | 1:1 | ||||
| 15. Round | 01/10/2016 | La Equidad | - | Atlético Nacional | 1:3 |  |
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| 3. Round | 09/10/2016 | Águilas Doradas | - | Atlético Nacional | 1:1 | ||||
| 12. Round | 10/11/2016 | Atlético Nacional | - | Atlético Junior | 2:2 |  |
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