| 3. Round | 04/09/2016 | CD Eldense | - | Espanyol Barcelona B | 0:2 |  |
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| 4. Round | 11/09/2016 | CD Ebro | - | CD Eldense | 1:0 | ||||
| 5. Round | 18/09/2016 | CD Eldense | - | Atlético Saguntino | 0:1 | ||||
| 6. Round | 25/09/2016 | Hércules CF | - | CD Eldense | 5:0 | |
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| 7. Round | 02/10/2016 | CD Eldense | - | Villarreal CF B | 0:1 | |
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| 8. Round | 09/10/2016 | CD Alcoyano | - | CD Eldense | 4:2 | |
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| 9. Round | 16/10/2016 | CD Eldense | - | Atlético Baleares | 0:5 |  |
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| 11. Round | 30/10/2016 | CD Eldense | - | UE Cornellà | 4:4 |  |
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| 13. Round | 06/11/2016 | CD Eldense | - | FC Barcelona B | 0:1 | ||||
| 14. Round | 13/11/2016 | CE Sabadell | - | CD Eldense | 1:1 | ||||
| 15. Round | 20/11/2016 | CD Eldense | - | UE Llagostera | 2:0 | ||||
| 16. Round | 26/11/2016 | Valencia CF B | - | CD Eldense | 2:0 | ||||
| 17. Round | 03/12/2016 | Levante UD B | - | CD Eldense | 0:0 | ||||
| 18. Round | 11/12/2016 | CD Eldense | - | CF Badalona | 1:4 | |
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| 19. Round | 18/12/2016 | Lleida Esportiu | - | CD Eldense | 2:0 | ||||
| 20. Round | 08/01/2017 | CE L'Hospitalet | - | CD Eldense | 2:0 |
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