| 11. Round | 01/10/2016 | MŠK Žilina | - | FO ŽP Šport Podbrezová | 1:0 | ||||
| 12. Round | 15/10/2016 | FC DAC 1904 | - | MŠK Žilina | 0:6 | ||||
| 14. Round | 30/10/2016 | 1. FC Tatran Prešov | - | MŠK Žilina | 1:1 | ||||
| 25. Round | 02/04/2017 | MŠK Žilina | - | 1. FC Tatran Prešov | 3:0 | ||||
| 28. Round | 23/04/2017 | Slovan Bratislava | - | MŠK Žilina | 0:1 |
Slovakia