| 1. Round | 31/07/2016 | FK Mladá Boleslav | - | Slovan Liberec | 3:0 | ||||
| 2. Round | 07/08/2016 | 1. FK Příbram | - | FK Mladá Boleslav | 0:1 | ||||
| 3. Round | 13/08/2016 | FK Mladá Boleslav | - | MFK Karviná | 1:2 | ||||
| 5. Round | 26/08/2016 | FK Mladá Boleslav | - | FC Hradec Králové | 2:0 | ||||
| 8. Round | 23/09/2016 | FK Jablonec | - | FK Mladá Boleslav | 1:2 | ||||
| 9. Round | 01/10/2016 | FK Mladá Boleslav | - | FK Dukla Praha | 1:0 | ||||
| 10. Round | 14/10/2016 | Bohemians Praha 1905 | - | FK Mladá Boleslav | 1:3 | ||||
| 13. Round | 04/11/2016 | Vysočina Jihlava | - | FK Mladá Boleslav | 2:1 | ||||
| 17. Round | 19/02/2017 | MFK Karviná | - | FK Mladá Boleslav | 1:1 | ||||
| 18. Round | 27/02/2017 | FK Mladá Boleslav | - | FK Teplice | 1:1 | ||||
| 19. Round | 04/03/2017 | FC Hradec Králové | - | FK Mladá Boleslav | 0:0 | ||||
| 20. Round | 12/03/2017 | FK Mladá Boleslav | - | AC Sparta Praha | 1:0 |  |
|||
| 22. Round | 31/03/2017 | FK Mladá Boleslav | - | FK Jablonec | 0:0 | ||||
| 23. Round | 07/04/2017 | FK Dukla Praha | - | FK Mladá Boleslav | 1:2 | |
|||
| 24. Round | 15/04/2017 | FK Mladá Boleslav | - | Bohemians Praha 1905 | 1:1 | |
|||
| 26. Round | 29/04/2017 | FC Fastav Zlín | - | FK Mladá Boleslav | 1:2 |
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