| 1. Round | 28/08/2006 | Vitória Setúbal | - | Académica de Coimbra | 1:1 |  |
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| 3. Round | 17/09/2006 | Académica de Coimbra | - | Os Belenenses | 1:1 | ||||
| 4. Round | 24/09/2006 | Boavista | - | Académica de Coimbra | 2:2 | ||||
| 5. Round | 01/10/2006 | Académica de Coimbra | - | CD Nacional | 1:3 | |
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| 6. Round | 15/10/2006 | Paços de Ferreira | - | Académica de Coimbra | 1:1 |  |
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| 8. Round | 28/10/2006 | União Leiria | - | Académica de Coimbra | 2:0 | ||||
| 9. Round | 05/11/2006 | Académica de Coimbra | - | Estrela Amadora | 2:0 | ||||
| 10. Round | 18/11/2006 | FC Porto | - | Académica de Coimbra | 2:1 | |
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| 11. Round | 26/11/2006 | Académica de Coimbra | - | SC Beira-Mar | 3:1 | |
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| 17. Round | 04/02/2007 | Naval 1° de Maio | - | Académica de Coimbra | 0:1 | |
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| 19. Round | 24/02/2007 | Académica de Coimbra | - | Boavista | 0:2 |
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