| 12. Round | 30/11/2003 | Panathinaikos | - | PAOK Saloniki | 3:0 | ||||
| 14. Round | 14/12/2003 | Panathinaikos | - | AO Proodeftiki | 3:1 |  |
|||
| 15. Round | 21/12/2003 | Panathinaikos | - | Paniliakos Pyrgos | 6:3 | |
|||
| 16. Round | 11/01/2004 | Skoda Xanthi | - | Panathinaikos | 0:1 | |
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| 17. Round | 18/01/2004 | Panathinaikos | - | OFI Heraklion | 1:0 | ||||
| 18. Round | 25/01/2004 | GS Kallithea | - | Panathinaikos | 0:3 | ||||
| 19. Round | 01/02/2004 | Panathinaikos | - | AEK Athen | 2:1 | |
|||
| 20. Round | 08/02/2004 | Ionikos Nikea | - | Panathinaikos | 1:2 | ||||
| 21. Round | 22/02/2004 | Panathinaikos | - | Iraklis Saloniki | 3:0 | ||||
| 22. Round | 29/02/2004 | Panathinaikos | - | AO Egaleo | 2:0 | ||||
| 23. Round | 14/03/2004 | Panionios GSS | - | Panathinaikos | 0:1 | ||||
| 24. Round | 21/03/2004 | Panathinaikos | - | Atromitos | 3:0 | ||||
| 26. Round | 18/04/2004 | Panathinaikos | - | Olympiakos Piraeus | 2:2 | ||||
| 27. Round | 25/04/2004 | PAOK Saloniki | - | Panathinaikos | 1:2 | ||||
| 28. Round | 02/05/2004 | Panathinaikos | - | Akratitos Liosion | 5:1 | ||||
| 29. Round | 16/05/2004 | AO Proodeftiki | - | Panathinaikos | 1:2 | ||||
| 30. Round | 22/05/2004 | Paniliakos Pyrgos | - | Panathinaikos | 0:1 |
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