| 1. Round | 21/08/2016 | Atlético Madrid | - | CD Alavés | 1:1 | ||||
| 5. Round | 22/09/2016 | Valencia CF | - | CD Alavés | 2:1 | ||||
| 6. Round | 26/09/2016 | CD Alavés | - | Granada CF | 3:1 | ||||
| 7. Round | 01/10/2016 | Sevilla FC | - | CD Alavés | 2:1 | ||||
| 10. Round | 29/10/2016 | CD Alavés | - | Real Madrid | 1:4 |  |
|||
| 11. Round | 05/11/2016 | CA Osasuna | - | CD Alavés | 0:1 | ||||
| 12. Round | 20/11/2016 | CD Alavés | - | Espanyol Barcelona | 0:1 | ||||
| 21. Round | 05/02/2017 | Sporting Gijón | - | CD Alavés | 2:4 | |
|||
| 22. Round | 11/02/2017 | CD Alavés | - | FC Barcelona | 0:6 | ||||
| 25. Round | 01/03/2017 | Granada CF | - | CD Alavés | 2:1 | ||||
| 26. Round | 06/03/2017 | CD Alavés | - | Sevilla FC | 1:1 | ||||
| 30. Round | 05/04/2017 | CD Alavés | - | CA Osasuna | 0:1 | ||||
| 35. Round | 30/04/2017 | Real Betis | - | CD Alavés | 1:4 |  |
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| 38. Round | 20/05/2017 | CD Leganés | - | CD Alavés | 1:1 | |
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