| 1. Round | 05/03/2006 | Júbilo Iwata | - | Avispa Fukuoka | 1:1 | ||||
| 2. Round | 11/03/2006 | Urawa Red Diamonds | - | Júbilo Iwata | 3:1 | ||||
| 3. Round | 18/03/2006 | Júbilo Iwata | - | Kyoto Purple Sanga | 1:1 |  |
|||
| 4. Round | 21/03/2006 | Albirex Niigata | - | Júbilo Iwata | 0:2 | ||||
| 5. Round | 25/03/2006 | Júbilo Iwata | - | Kawasaki Frontale | 1:2 | ||||
| 11. Round | 12/07/2006 | Gamba Osaka | - | Júbilo Iwata | 2:2 | ||||
| 13. Round | 19/07/2006 | RB Omiya Ardija | - | Júbilo Iwata | 2:1 | ||||
| 14. Round | 22/07/2006 | Júbilo Iwata | - | Cerezo Osaka | 3:1 | |
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| 16. Round | 29/07/2006 | Shimizu S-Pulse | - | Júbilo Iwata | 2:0 | ||||
| 17. Round | 12/08/2006 | Júbilo Iwata | - | Kashima Antlers | 3:3 | |
 |
||
| 18. Round | 19/08/2006 | Nagoya Grampus Eight | - | Júbilo Iwata | 3:1 | ||||
| 19. Round | 23/08/2006 | Júbilo Iwata | - | JEF United Chiba | 3:1 | ||||
| 20. Round | 26/08/2006 | Ventforet Kofu | - | Júbilo Iwata | 1:1 | ||||
| 21. Round | 30/08/2006 | Sanfrecce Hiroshima | - | Júbilo Iwata | 2:1 | |
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| 32. Round | 23/11/2006 | Kyoto Purple Sanga | - | Júbilo Iwata | 1:3 | |
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| 33. Round | 26/11/2006 | Júbilo Iwata | - | Shimizu S-Pulse | 1:0 |
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