| 4. Round | 08/03/2009 | Sporting Cristal | - | Cienciano | 0:2 |  |
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| 5. Round | 15/03/2009 | Cienciano | - | Universidad Cesar Vallejo | 1:1 | |
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| 8. Round | 11/04/2009 | Alianza Lima | - | Cienciano | 2:0 | ||||
| 12. Round | 10/05/2009 | CN Iquitos | - | Cienciano | 1:3 |  |
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| 16. Round | 31/05/2009 | FBC Melgar | - | Cienciano | 2:2 | |
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| 17. Round | 14/06/2009 | Cienciano | - | José Gálvez | 1:0 | ||||
| 18. Round | 21/06/2009 | Universitario de Deportes | - | Cienciano | 2:1 | ||||
| 19. Round | 28/06/2009 | Cienciano | - | Sporting Cristal | 5:5 | ||||
| 20. Round | 05/07/2009 | Universidad Cesar Vallejo | - | Cienciano | 0:1 | ||||
| 21. Round | 12/07/2009 | Cienciano | - | Sport Huancayo | 0:3 | ||||
| 22. Round | 19/07/2009 | Sport Áncash | - | Cienciano | 2:1 | |
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| 29. Round | 23/08/2009 | Inti Gas | - | Cienciano | 0:1 |
Colombia