| 2. Round | 16/02/2025 | Universitario de Deportes | - | Cienciano | 3:2 | ||||
| 3. Round | 23/02/2025 | Cienciano | - | Deportivo Garcilaso | 2:3 | ||||
| 7. Round | 05/04/2025 | Atlético Grau | - | Cienciano | 1:1 |  |
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| 8. Round | 13/04/2025 | Cienciano | - | Alianza Universidad | 0:1 | ||||
| 9. Round | 19/04/2025 | Sport Boys | - | Cienciano | 2:2 | ||||
| 10. Round | 29/04/2025 | Cienciano | - | Sport Huancayo | 2:1 | ||||
| 11. Round | 03/05/2025 | Alianza Lima | - | Cienciano | 0:1 | |
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| 13. Round | 19/05/2025 | Deportivo Binacional | - | Cienciano | 1:1 | ||||
| 15. Round | 14/06/2025 | Cusco FC | - | Cienciano | 0:0 |
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