| Kat. Sup. | 08/09/16 | FK Vllaznia | - | FK Kukësi | 0:0 | ||||
| Kat. Sup. | 01/10/16 | FK Kukësi | - | FK Partizani | 1:0 |  |
|||
| Kat. Sup. | 30/11/16 | FK Kukësi | - | KF Laçi | 2:0 | ||||
| Kat. Sup. | 11/02/17 | KF Tiranë | - | FK Kukësi | 1:2 | |
|||
| Kat. Sup. | 05/03/17 | Flamurtari Vlorë | - | FK Kukësi | 1:1 |  |
|||
| Kat. Sup. | 02/04/17 | FK Kukësi | - | Luftëtari Gjirokastër | 3:2 | |
|||
| Kat. Sup. | 20/05/17 | FK Kukësi | - | KF Skënderbeu | 2:0 | |
|
Croatia