| 1. Round | 07/09/2016 | Luftëtari Gjirokastër | - | FK Partizani | 0:1 | ||||
| 2. Round | 12/09/2016 | FK Partizani | - | FK Vllaznia | 0:0 | ||||
| 3. Round | 18/09/2016 | KF Teuta Durrës | - | FK Partizani | 0:2 |  |
|||
| 6. Round | 13/10/2016 | KF Laçi | - | FK Partizani | 0:2 | ||||
| 7. Round | 17/10/2016 | FK Partizani | - | Flamurtari Vlorë | 4:0 | ||||
| 8. Round | 22/10/2016 | KS Korabi Peshkopi | - | FK Partizani | 0:1 | ||||
| 10. Round | 05/11/2016 | FK Partizani | - | Luftëtari Gjirokastër | 1:1 | ||||
| 11. Round | 20/11/2016 | FK Vllaznia | - | FK Partizani | 1:1 | ||||
| 14. Round | 06/12/2016 | FK Partizani | - | FK Kukësi | 0:0 | ||||
| 15. Round | 10/12/2016 | FK Partizani | - | KF Laçi | 2:0 | ||||
| 16. Round | 14/12/2016 | Flamurtari Vlorë | - | FK Partizani | 1:1 | ||||
| 17. Round | 18/12/2016 | FK Partizani | - | KS Korabi Peshkopi | 1:0 | ||||
| 18. Round | 22/12/2016 | KF Skënderbeu | - | FK Partizani | 1:2 | ||||
| 19. Round | 28/01/2017 | Luftëtari Gjirokastër | - | FK Partizani | 2:0 | ||||
| 23. Round | 26/02/2017 | FK Kukësi | - | FK Partizani | 0:0 | ||||
| 25. Round | 11/03/2017 | FK Partizani | - | Flamurtari Vlorë | 2:1 | ||||
| 26. Round | 18/03/2017 | KS Korabi Peshkopi | - | FK Partizani | 0:2 | ||||
| 28. Round | 08/04/2017 | FK Partizani | - | Luftëtari Gjirokastër | 2:0 |
Albania
USA