| 21. Round | 08/01/2000 | CD Tenerife | - | Córdoba CF | 1:1 | ||||
| 22. Round | 15/01/2000 | Sporting Gijón | - | Córdoba CF | 1:0 | ||||
| 23. Round | 21/01/2000 | Córdoba CF | - | Recreativo Huelva | 2:1 | ||||
| 24. Round | 29/01/2000 | CD Toledo | - | Córdoba CF | 0:3 | ||||
| 25. Round | 05/02/2000 | Córdoba CF | - | CP Mérida | 3:0 | ||||
| 26. Round | 12/02/2000 | Atlético Madrid B | - | Córdoba CF | 0:0 | ||||
| 27. Round | 19/02/2000 | Córdoba CF | - | CD Leganés | 2:1 | ||||
| 29. Round | 04/03/2000 | Córdoba CF | - | SD Compostela | 1:0 | ||||
| 36. Round | 21/04/2000 | Córdoba CF | - | CD Badajoz | 0:4 | ||||
| 37. Round | 29/04/2000 | Getafe CF | - | Córdoba CF | 0:1 | ||||
| 38. Round | 05/05/2000 | Córdoba CF | - | SD Eibar | 1:1 |
Venezuela