| 1. Round | 29/07/2012 | Deportes Quindío | - | Atlético Junior | 0:0 | ||||
| 2. Round | 04/08/2012 | Atlético Junior | - | Real Cartagena | 1:0 | ||||
| 3. Round | 12/08/2012 | Atlético Junior | - | Deportivo Pasto | 2:0 | ||||
| 7. Round | 02/09/2012 | Atlético Junior | - | Patriotas FC | 4:3 | ||||
| 8. Round | 17/09/2012 | Boyacá Chicó | - | Atlético Junior | 1:1 | ||||
| 9. Round | 23/09/2012 | Real Cartagena | - | Atlético Junior | 1:3 | ||||
| 10. Round | 27/09/2012 | Atlético Junior | - | Santa Fe | 1:1 | ||||
| 11. Round | 29/09/2012 | Millonarios | - | Atlético Junior | 2:0 | ||||
| 12. Round | 04/10/2012 | Atlético Junior | - | Atlético Huila | 4:0 | ||||
| 14. Round | 18/10/2012 | Atlético Junior | - | La Equidad | 0:0 | ||||
| 15. Round | 22/10/2012 | Cúcuta Deportivo | - | Atlético Junior | 1:1 | ||||
| 16. Round | 28/10/2012 | Atlético Junior | - | Atlético Nacional | 1:0 | ||||
| 18. Round | 10/11/2012 | Atlético Junior | - | Once Caldas | 2:0 |  |
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