| 7. Round | 28/02/2016 | Once Caldas | - | Atlético Nacional | 0:3 |  |
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| 8. Round | 05/03/2016 | Atlético Nacional | - | Boyacá Chicó | 2:0 | ||||
| 6. Round | 27/03/2016 | Atlético Nacional | - | Deportivo Cali | 2:1 |  |
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| 11. Round | 03/04/2016 | Atlético Nacional | - | Atlético Bucaramanga | 7:0 | ||||
| 5. Round | 07/04/2016 | Atlético Nacional | - | Fortaleza FC | 4:1 | ||||
| 12. Round | 09/04/2016 | Atlético Junior | - | Atlético Nacional | 3:3 | |
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| 13. Round | 16/04/2016 | Atlético Nacional | - | Envigado FC | 3:2 | ||||
| 14. Round | 23/04/2016 | Cortuluá | - | Atlético Nacional | 2:0 | |
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| 19. Round | 22/05/2016 | Atlético Nacional | - | Santa Fe | 0:1 | ||||
| 20. Round | 29/05/2016 | Deportivo Pasto | - | Atlético Nacional | 0:2 |
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