| 2. Round | 28/01/2024 | Boyacá Chicó | - | Atlético Junior | 2:2 |  |
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| 4. Round | 05/02/2024 | Alianza FC | - | Atlético Junior | 0:1 | ||||
| 6. Round | 11/02/2024 | Fortaleza FC | - | Atlético Junior | 2:0 | ||||
| 9. Round | 26/02/2024 | Deportivo Pereira | - | Atlético Junior | 3:3 | |
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| 10. Round | 03/03/2024 | Atlético Junior | - | Atlético Nacional | 0:0 | ||||
| 11. Round | 08/03/2024 | Águilas Doradas | - | Atlético Junior | 0:2 | ||||
| 12. Round | 16/03/2024 | Atlético Junior | - | Jaguares de Córdoba | 3:1 | ||||
| 15. Round | 07/04/2024 | América de Cali | - | Atlético Junior | 4:1 |
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