| 1. Round | 03/02/2016 | Universidad Cesar Vallejo | - | São Paulo FC | 1:1 | ||||
| 1. Round | 10/02/2016 | São Paulo FC | - | Universidad Cesar Vallejo | 1:0 | ||||
| Group 1 | 17/02/2016 | São Paulo FC | - | The Strongest | 0:1 | ||||
| Group 1 | 10/03/2016 | River Plate | - | São Paulo FC | 1:1 | ||||
| Group 1 | 16/03/2016 | Trujillanos FC | - | São Paulo FC | 1:1 | ||||
| Group 1 | 06/04/2016 | São Paulo FC | - | Trujillanos FC | 6:0 | ||||
| Group 1 | 14/04/2016 | São Paulo FC | - | River Plate | 2:1 | ||||
| Group 1 | 22/04/2016 | The Strongest | - | São Paulo FC | 1:1 | ||||
| Round of 16 | 29/04/2016 | São Paulo FC | - | Deportivo Toluca | 4:0 |  |
|||
| Round of 16 | 04/05/2016 | Deportivo Toluca | - | São Paulo FC | 3:1 | ||||
| Quarter-finals | 12/05/2016 | São Paulo FC | - | Atlético Mineiro | 1:0 |  |
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| Quarter-finals | 19/05/2016 | Atlético Mineiro | - | São Paulo FC | 2:1 | ||||
| Semi-finals | 07/07/2016 | São Paulo FC | - | Atlético Nacional | 0:2 | ||||
| Semi-finals | 14/07/2016 | Atlético Nacional | - | São Paulo FC | 2:1 | |
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