| 12. Round | 31/10/1998 | KFC Germinal Ekeren | - | KAA Gent | 8:1 | ||||
| 13. Round | 07/11/1998 | KAA Gent | - | Sint-Truidense VV | 1:1 | ||||
| 14. Round | 14/11/1998 | Lommelse SK | - | KAA Gent | 0:1 | ||||
| 15. Round | 21/11/1998 | KAA Gent | - | RSC Anderlecht | 3:2 | ||||
| 16. Round | 29/11/1998 | KRC Harelbeke | - | KAA Gent | 2:2 | ||||
| 17. Round | 05/12/1998 | KAA Gent | - | Sporting Lokeren | 2:1 | ||||
| 18. Round | 12/12/1998 | KAA Gent | - | Lierse SK (old) | 1:0 | ||||
| 21. Round | 24/01/1999 | K.S.C. Eendracht Aalst | - | KAA Gent | 0:2 | ||||
| 22. Round | 30/01/1999 | KRC Genk | - | KAA Gent | 1:0 | ||||
| 23. Round | 13/02/1999 | KAA Gent | - | KV Kortrijk | 3:1 | ||||
| 24. Round | 27/02/1999 | RSC Charleroi | - | KAA Gent | 1:1 | ||||
| 27. Round | 20/03/1999 | KAA Gent | - | KVC Westerlo | 2:0 |  |
|||
| 28. Round | 03/04/1999 | Club Brugge KV | - | KAA Gent | 1:0 | ||||
| 29. Round | 17/04/1999 | KAA Gent | - | Germinal Beerschot | 1:3 | ||||
| 30. Round | 24/04/1999 | Sint-Truidense VV | - | KAA Gent | 1:0 | ||||
| 31. Round | 01/05/1999 | KAA Gent | - | Lommelse SK | 2:2 | ||||
| 32. Round | 05/05/1999 | RSC Anderlecht | - | KAA Gent | 4:0 | ||||
| 34. Round | 16/05/1999 | Sporting Lokeren | - | KAA Gent | 1:4 |
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