| 1. Round | 02/07/2016 | Alianza Petrolera | - | Atlético Nacional | 3:3 | ||||
| 5. Round | 24/07/2016 | Fortaleza FC | - | Atlético Nacional | 0:1 |  |
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| 16. Round | 16/10/2016 | Atlético Nacional | - | Atlético Huila | 4:0 | ||||
| 17. Round | 23/10/2016 | Independiente Medellín | - | Atlético Nacional | 2:2 | |
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| 18. Round | 30/10/2016 | Atlético Nacional | - | Patriotas FC | 2:1 |  |
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| 12. Round | 10/11/2016 | Atlético Nacional | - | Atlético Junior | 2:2 | ||||
| 20. Round | 20/11/2016 | Atlético Nacional | - | Deportivo Pasto | 3:1 |
Colombia