| 17. Round | 14/02/2016 | FK Mladá Boleslav | - | Baník Ostrava | 3:0 | ||||
| 18. Round | 21/02/2016 | AC Sparta Praha | - | FK Mladá Boleslav | 2:0 | ||||
| 19. Round | 27/02/2016 | FC Fastav Zlín | - | FK Mladá Boleslav | 0:2 | ||||
| 20. Round | 05/03/2016 | FK Mladá Boleslav | - | Slavia Praha | 2:1 | ||||
| 21. Round | 12/03/2016 | FK Teplice | - | FK Mladá Boleslav | 0:0 | ||||
| 22. Round | 19/03/2016 | FK Mladá Boleslav | - | FK Jablonec | 1:0 | ||||
| 25. Round | 16/04/2016 | 1. FC Slovácko | - | FK Mladá Boleslav | 0:2 | ||||
| 26. Round | 22/04/2016 | FK Mladá Boleslav | - | Sigma Olomouc | 4:1 |  |
|||
| 27. Round | 29/04/2016 | Vysočina Jihlava | - | FK Mladá Boleslav | 1:1 | ||||
| 28. Round | 07/05/2016 | FK Mladá Boleslav | - | Viktoria Plzeň | 2:0 | ||||
| 29. Round | 11/05/2016 | Bohemians Praha 1905 | - | FK Mladá Boleslav | 2:0 | ||||
| 30. Round | 14/05/2016 | FK Mladá Boleslav | - | Slovan Liberec | 2:2 |
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