| 17. Round | 14/06/2009 | Total Chalaco | - | FBC Melgar | 3:2 | ||||
| 18. Round | 21/06/2009 | FBC Melgar | - | Inti Gas | 0:2 | ||||
| 20. Round | 04/07/2009 | FBC Melgar | - | Universidad San Martín | 1:0 | ||||
| 21. Round | 12/07/2009 | CN Iquitos | - | FBC Melgar | 1:0 | ||||
| 22. Round | 19/07/2009 | José Gálvez | - | FBC Melgar | 1:1 |  |
|||
| 23. Round | 26/07/2009 | FBC Melgar | - | Sport Huancayo | 1:0 | ||||
| 24. Round | 29/07/2009 | FBC Melgar | - | Alianza Atlético | 2:1 | ||||
| 25. Round | 02/08/2009 | Sport Áncash | - | FBC Melgar | 2:2 | ||||
| 26. Round | 09/08/2009 | Universitario de Deportes | - | FBC Melgar | 1:0 | ||||
| 27. Round | 16/08/2009 | FBC Melgar | - | Sporting Cristal | 1:0 | ||||
| 28. Round | 20/08/2009 | FBC Melgar | - | Universidad Cesar Vallejo | 1:1 | |
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| 30. Round | 29/08/2009 | FBC Melgar | - | Juan Aurich | 1:3 | ||||
| 29. Round | 02/09/2009 | Coronel Bolognesi | - | FBC Melgar | 3:2 |
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