| 8. Round | 30/08/2009 | Atlético Junior | - | Boyacá Chicó | 5:2 | ||||
| 9. Round | 13/09/2009 | Atlético Junior | - | Real Cartagena | 3:1 | ||||
| 14. Round | 21/10/2009 | La Equidad | - | Atlético Junior | 1:0 | ||||
| 15. Round | 25/10/2009 | Atlético Junior | - | América de Cali | 3:0 | ||||
| 16. Round | 01/11/2009 | Atlético Huila | - | Atlético Junior | 2:1 |
Colombia