| 1. Round | 01/08/2003 | Deportivo Toluca | - | Atlante | 3:4 | ||||
| 2. Round | 09/08/2003 | Atlante | - | Deportivo Guadalajara | 2:2 | ||||
| 3. Round | 15/08/2003 | Club Necaxa | - | Atlante | 2:0 |  |
|||
| 4. Round | 23/08/2003 | Atlante | - | Puebla FC | 3:0 | ||||
| 7. Round | 12/09/2003 | Veracruz (old) | - | Atlante | 0:3 | ||||
| 6. Round | 15/09/2003 | Atlante | - | Cruz Azul | 3:3 | ||||
| 8. Round | 20/09/2003 | Atlante | - | UAG Tecos | 1:0 | |
|||
| 9. Round | 23/09/2003 | CF Monterrey | - | Atlante | 1:0 | ||||
| 10. Round | 27/09/2003 | Atlante | - | CF América | 0:0 | ||||
| 13. Round | 18/10/2003 | Santos Laguna | - | Atlante | 2:3 |  |
|||
| 14. Round | 22/10/2003 | Atlante | - | Club Irapuato | 0:1 | ||||
| 15. Round | 25/10/2003 | Atlante | - | Jaguares Chiapas | 3:0 | ||||
| 18. Round | 15/11/2003 | Gallos Blancos (old) | - | Atlante | 0:2 | ||||
| 19. Round | 21/11/2003 | Atlante | - | UANL Tigres | 2:2 |
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