| 1. Round | 29/01/2012 | Atlético Junior | - | Deportes Quindío | 1:1 | ||||
| 2. Round | 05/02/2012 | Real Cartagena | - | Atlético Junior | 2:1 | ||||
| 4. Round | 18/02/2012 | Atlético Junior | - | Deportivo Cali | 1:0 | ||||
| 6. Round | 03/03/2012 | Atlético Junior | - | Itagüi Ditaires | 2:1 | ||||
| 8. Round | 17/03/2012 | Atlético Junior | - | Boyacá Chicó | 3:1 | ||||
| 9. Round | 25/03/2012 | Atlético Junior | - | Real Cartagena | 3:1 |  |
|||
| 10. Round | 01/04/2012 | Santa Fe | - | Atlético Junior | 2:1 | ||||
| 11. Round | 08/04/2012 | Atlético Junior | - | Millonarios | 1:3 |  |
|
||
| 12. Round | 15/04/2012 | Atlético Huila | - | Atlético Junior | 1:3 | ||||
| 13. Round | 22/04/2012 | Atlético Junior | - | Deportes Tolima | 1:2 | ||||
| 14. Round | 28/04/2012 | La Equidad | - | Atlético Junior | 0:0 | ||||
| 15. Round | 06/05/2012 | Atlético Junior | - | Cúcuta Deportivo | 4:0 | |
|||
| 16. Round | 14/05/2012 | Atlético Nacional | - | Atlético Junior | 3:1 | ||||
| 17. Round | 21/05/2012 | Atlético Junior | - | Independiente Medellín | 1:0 | ||||
| 18. Round | 27/05/2012 | Once Caldas | - | Atlético Junior | 2:2 |
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