2. Round | 09/03/2016 | FK Sūduva | - | FK Atlantas | 1:0 | ||||
3. Round | 16/03/2016 | FK Atlantas | - | Utenis Utena | 1:0 | ||||
10. Round | 05/05/2016 | Utenis Utena | - | FK Atlantas | 0:2 | ||||
11. Round | 08/05/2016 | FK Atlantas | - | FK Jonava | 2:0 | ||||
12. Round | 17/05/2016 | Kauno Žalgiris | - | FK Atlantas | 0:2 | ||||
13. Round | 21/05/2016 | FK Žalgiris | - | FK Atlantas | 1:0 | ||||
16. Round | 24/06/2016 | FK Sūduva | - | FK Atlantas | 3:3 | ||||
17. Round | 12/07/2016 | FK Atlantas | - | Utenis Utena | 2:0 | ||||
18. Round | 19/07/2016 | FK Jonava | - | FK Atlantas | 1:2 | ||||
19. Round | 27/07/2016 | FK Atlantas | - | Kauno Žalgiris | 1:1 | ||||
20. Round | 02/08/2016 | FK Atlantas | - | FK Žalgiris | 0:1 | ||||
21. Round | 10/08/2016 | FK Trakai | - | FK Atlantas | 3:0 | ||||
22. Round | 16/08/2016 | FC Stumbras | - | FK Atlantas | 0:2 | ||||
23. Round | 24/08/2016 | FK Atlantas | - | FK Sūduva | 2:1 | ||||
24. Round | 08/09/2016 | Utenis Utena | - | FK Atlantas | 1:1 | ||||
27. Round | 01/10/2016 | FK Žalgiris | - | FK Atlantas | 0:1 | ||||
28. Round | 16/10/2016 | FK Atlantas | - | FK Trakai | 0:1 |