| 1. Round | 03/07/2016 | Santa Fe | - | Boyacá Chicó | 1:0 |  |
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| 2. Round | 09/07/2016 | Millonarios | - | Santa Fe | 1:0 | ||||
| 3. Round | 14/07/2016 | Santa Fe | - | Atlético Bucaramanga | 1:0 | ||||
| 4. Round | 17/07/2016 | Atlético Junior | - | Santa Fe | 2:1 | |
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| 10. Round | 29/08/2016 | Santa Fe | - | Millonarios | 1:2 |  |
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| 12. Round | 16/09/2016 | Santa Fe | - | Deportivo Cali | 2:2 | ||||
| 13. Round | 19/09/2016 | Deportivo Pasto | - | Santa Fe | 0:1 | ||||
| 14. Round | 25/09/2016 | Alianza Petrolera | - | Santa Fe | 0:1 | |
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| 15. Round | 08/10/2016 | Santa Fe | - | Jaguares de Córdoba | 1:0 | ||||
| 16. Round | 16/10/2016 | Águilas Doradas | - | Santa Fe | 0:4 | ||||
| 17. Round | 23/10/2016 | Santa Fe | - | Deportes Tolima | 1:1 | ||||
| 18. Round | 29/10/2016 | Fortaleza FC | - | Santa Fe | 1:1 | ||||
| 19. Round | 07/11/2016 | Santa Fe | - | Atlético Nacional | 0:0 | |
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| 20. Round | 20/11/2016 | Once Caldas | - | Santa Fe | 1:2 |
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