| 8. Round | 18/10/2008 | Preußen Münster | - | SC Verl | 0:1 |  |
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| 9. Round | 26/10/2008 | Preußen Münster | - | Rot-Weiss Essen | 3:1 |  |
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| 10. Round | 29/10/2008 | 1. FSV Mainz 05 II | - | Preußen Münster | 0:0 | ||||
| 12. Round | 09/11/2008 | Bor. Mönchengladbach II | - | Preußen Münster | 0:0 | ||||
| 13. Round | 14/11/2008 | Preußen Münster | - | Bayer Leverkusen II | 5:1 | ||||
| 14. Round | 21/11/2008 | SV 07 Elversberg | - | Preußen Münster | 1:0 | ||||
| 15. Round | 28/11/2008 | Preußen Münster | - | FSV Oggersheim | 1:1 | ||||
| 19. Round | 21/02/2009 | 1. FC Kaiserslautern II | - | Preußen Münster | 1:1 | ||||
| 20. Round | 28/02/2009 | Preußen Münster | - | VfL Bochum II | 1:2 | ||||
| 27. Round | 25/04/2009 | Preußen Münster | - | 1. FSV Mainz 05 II | 0:4 | |
|||
| 28. Round | 01/05/2009 | 1. FC Kleve | - | Preußen Münster | 1:2 | |
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| 29. Round | 08/05/2009 | Preußen Münster | - | Bor. Mönchengladbach II | 0:1 | ||||
| 30. Round | 12/05/2009 | Bayer Leverkusen II | - | Preußen Münster | 2:1 | ||||
| 31. Round | 15/05/2009 | Preußen Münster | - | SV 07 Elversberg | 1:1 | ||||
| 32. Round | 24/05/2009 | FSV Oggersheim | - | Preußen Münster | 0:2 | |
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| 33. Round | 30/05/2009 | Preußen Münster | - | Borussia Dortmund II | 2:2 |
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