| 1. Round | 17/08/2008 | KRC Genk | - | Germinal Beerschot | 1:1 |  |
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| 2. Round | 24/08/2008 | RAEC Mons | - | KRC Genk | 3:1 | ||||
| 3. Round | 30/08/2008 | KRC Genk | - | Sporting Lokeren | 1:0 | ||||
| 4. Round | 14/09/2008 | SV Zulte Waregem | - | KRC Genk | 1:3 | ||||
| 5. Round | 21/09/2008 | KRC Genk | - | Club Brugge KV | 0:1 | |
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| 6. Round | 28/09/2008 | Excelsior Mouscron | - | KRC Genk | 1:2 | ||||
| 7. Round | 04/10/2008 | KRC Genk | - | KV Mechelen | 2:1 | ||||
| 8. Round | 18/10/2008 | FCV Dender EH | - | KRC Genk | 2:4 | ||||
| 9. Round | 26/10/2008 | KRC Genk | - | Standard Liège | 0:0 | ||||
| 10. Round | 01/11/2008 | AFC Tubize | - | KRC Genk | 1:3 | ||||
| 11. Round | 08/11/2008 | KVC Westerlo | - | KRC Genk | 1:0 | ||||
| 13. Round | 23/11/2008 | KAA Gent | - | KRC Genk | 2:3 |  |
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| 15. Round | 07/12/2008 | KV Kortrijk | - | KRC Genk | 3:1 | ||||
| 16. Round | 13/12/2008 | KRC Genk | - | Sporting Charleroi | 1:0 | ||||
| 17. Round | 19/12/2008 | RSC Anderlecht | - | KRC Genk | 2:0 | ||||
| 18. Round | 18/01/2009 | Germinal Beerschot | - | KRC Genk | 4:1 | ||||
| 19. Round | 24/01/2009 | KRC Genk | - | RAEC Mons | 2:0 | ||||
| 20. Round | 01/02/2009 | Sporting Lokeren | - | KRC Genk | 1:2 |
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