| 17. Round | 27/02/2009 | FC Stade Nyonnais | - | FC Locarno | 1:0 | ||||
| 18. Round | 07/03/2009 | Servette FC | - | FC Stade Nyonnais | 0:0 |  |
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| 19. Round | 13/03/2009 | FC Stade Nyonnais | - | FC La Chaux-de-Fonds | 1:2 | ||||
| 20. Round | 20/03/2009 | FC Gossau | - | FC Stade Nyonnais | 2:3 |  |
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| 16. Round | 29/03/2009 | FC Biel/Bienne | - | FC Stade Nyonnais | 4:2 | ||||
| 21. Round | 02/04/2009 | FC Stade Nyonnais | - | FC Wil 1900 | 1:0 | ||||
| 22. Round | 11/04/2009 | FC Concordia Basel | - | FC Stade Nyonnais | 2:1 | ||||
| 23. Round | 18/04/2009 | FC Stade Nyonnais | - | FC St. Gallen | 1:4 | |
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| 24. Round | 22/04/2009 | FC Thun | - | FC Stade Nyonnais | 1:1 | |
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| 25. Round | 26/04/2009 | FC Stade Nyonnais | - | FC Lausanne-Sport | 0:2 | |
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| 27. Round | 09/05/2009 | FC Stade Nyonnais | - | FC Winterthur | 2:1 | ||||
| 30. Round | 30/05/2009 | FC Stade Nyonnais | - | FC Wohlen | 1:3 |
France