| 1. Round | 04/07/2016 | Deportivo Pasto | - | Once Caldas | 1:2 | ||||
| 2. Round | 10/07/2016 | Boyacá Chicó | - | Deportivo Pasto | 0:2 | ||||
| 4. Round | 18/07/2016 | Atlético Bucaramanga | - | Deportivo Pasto | 2:1 | ||||
| 5. Round | 23/07/2016 | Deportivo Pasto | - | Atlético Junior | 1:1 | ||||
| 6. Round | 31/07/2016 | Envigado FC | - | Deportivo Pasto | 1:1 | ||||
| 7. Round | 07/08/2016 | Deportivo Pasto | - | Cortuluá | 1:0 |  |
|||
| 9. Round | 21/08/2016 | Deportivo Pasto | - | Atlético Huila | 2:0 |  |
|||
| 10. Round | 28/08/2016 | Once Caldas | - | Deportivo Pasto | 2:3 | ||||
| 13. Round | 19/09/2016 | Deportivo Pasto | - | Santa Fe | 0:1 | ||||
| 14. Round | 25/09/2016 | Deportivo Cali | - | Deportivo Pasto | 1:1 | ||||
| 15. Round | 30/09/2016 | Deportivo Pasto | - | Alianza Petrolera | 0:1 | |
|||
| 18. Round | 30/10/2016 | Deportes Tolima | - | Deportivo Pasto | 0:0 | ||||
| 19. Round | 06/11/2016 | Deportivo Pasto | - | Fortaleza FC | 1:0 | ||||
| 20. Round | 20/11/2016 | Atlético Nacional | - | Deportivo Pasto | 3:1 | |
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