| 3. Round | 21/08/2016 | FC Penafiel | - | Académica de Coimbra | 1:0 | ||||
| 19. Round | 19/12/2016 | Vitória Guimarães B | - | Académica de Coimbra | 2:1 |  |
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| 25. Round | 04/02/2017 | Portimonense SC | - | Académica de Coimbra | 0:0 |  |
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| 30. Round | 05/03/2017 | FC Vizela | - | Académica de Coimbra | 0:1 | ||||
| 31. Round | 11/03/2017 | Académica de Coimbra | - | AD Fafe | 0:0 | ||||
| 33. Round | 19/03/2017 | Académica de Coimbra | - | Académico de Viseu | 1:2 | ||||
| 32. Round | 26/03/2017 | Varzim SC | - | Académica de Coimbra | 0:2 | ||||
| 34. Round | 02/04/2017 | Gil Vicente | - | Académica de Coimbra | 1:0 | ||||
| 35. Round | 06/04/2017 | Académica de Coimbra | - | CD Aves | 0:0 |  |
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| 37. Round | 19/04/2017 | Académica de Coimbra | - | SC Freamunde | 2:2 |  |
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| 38. Round | 24/04/2017 | Sporting Braga B | - | Académica de Coimbra | 1:0 | ||||
| 39. Round | 30/04/2017 | SL Benfica B | - | Académica de Coimbra | 1:0 | |
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| 40. Round | 06/05/2017 | Académica de Coimbra | - | Vitória Guimarães B | 1:0 | ||||
| 41. Round | 14/05/2017 | Sporting CP B | - | Académica de Coimbra | 1:2 | |
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| 42. Round | 21/05/2017 | Académica de Coimbra | - | FC Porto B | 2:1 |
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