| 1. Round | 28/07/1999 | NK Varteks | - | Hajduk Split | 3:2 |  |
|||
| 2. Round | 31/07/1999 | Croatia Zagreb | - | NK Varteks | 4:1 | ||||
| 14. Round | 23/11/1999 | HNK Cibalia | - | NK Varteks | 3:1 |  |
|||
| 15. Round | 27/11/1999 | HNK Šibenik | - | NK Varteks | 2:0 | ||||
| 16. Round | 04/12/1999 | NK Varteks | - | HNK Rijeka | 2:1 | ||||
| 17. Round | 19/02/2000 | NK Istra Pula | - | NK Varteks | 0:2 | ||||
| 18. Round | 26/02/2000 | NK Varteks | - | NK Vukovar 91 | 2:0 | |
|||
| 20. Round | 04/03/2000 | NK Varteks | - | Slaven Belupo | 0:1 | ||||
| 21. Round | 07/03/2000 | NK Osijek | - | NK Varteks | 1:1 | ||||
| 22. Round | 11/03/2000 | NK Varteks | - | Hrvatski Dragovoljac | 0:0 | ||||
| 23. Round | 18/03/2000 | Croatia Zagreb | - | NK Varteks | 0:1 | ||||
| 24. Round | 25/03/2000 | HNK Cibalia | - | NK Varteks | 2:0 | |
|||
| 25. Round | 01/04/2000 | NK Varteks | - | Slaven Belupo | 0:0 |
Bosnia-Herzegovina
