| 2. Round | 09/08/2003 | Atlante | - | Deportivo Guadalajara | 2:2 |  |
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| 3. Round | 15/08/2003 | Club Necaxa | - | Atlante | 2:0 | ||||
| 4. Round | 23/08/2003 | Atlante | - | Puebla FC | 3:0 | |
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| 5. Round | 30/08/2003 | Pumas UNAM | - | Atlante | 1:1 |  |
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| 7. Round | 12/09/2003 | Veracruz (old) | - | Atlante | 0:3 | |
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| 6. Round | 15/09/2003 | Atlante | - | Cruz Azul | 3:3 | ||||
| 8. Round | 20/09/2003 | Atlante | - | UAG Tecos | 1:0 | ||||
| 10. Round | 27/09/2003 | Atlante | - | CF América | 0:0 | ||||
| 12. Round | 11/10/2003 | Atlante | - | Real San Luis | 2:0 | ||||
| 13. Round | 18/10/2003 | Santos Laguna | - | Atlante | 2:3 | ||||
| 15. Round | 25/10/2003 | Atlante | - | Jaguares Chiapas | 3:0 | ||||
| 16. Round | 01/11/2003 | CF Pachuca | - | Atlante | 0:0 | ||||
| 17. Round | 08/11/2003 | Atlante | - | Monarcas Morelia | 2:2 | ||||
| 19. Round | 21/11/2003 | Atlante | - | UANL Tigres | 2:2 |
Mexico