| 1. Round | 31/07/2016 | El Nacional | - | Deportivo Cuenca | 2:3 | ||||
| 6. Round | 04/09/2016 | El Nacional | - | Club Deportivo River Plate Ecuador | 2:1 | ||||
| 7. Round | 10/09/2016 | Emelec | - | El Nacional | 2:2 | ||||
| 15. Round | 23/10/2016 | Fuerza Amarilla | - | El Nacional | 2:0 | ||||
| 16. Round | 30/10/2016 | El Nacional | - | Emelec | 1:2 | ||||
| 17. Round | 04/11/2016 | Club Deportivo River Plate Ecuador | - | El Nacional | 1:2 | ||||
| 18. Round | 12/11/2016 | El Nacional | - | Mushuc Runa | 2:1 |  |
|||
| 20. Round | 27/11/2016 | Aucas | - | El Nacional | 0:0 | ||||
| 22. Round | 10/12/2016 | Deportivo Cuenca | - | El Nacional | 1:1 |  |
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