| 16. Round | 26/01/2003 | Ionikos Nikea | - | Panionios GSS | 1:2 |  |
|||
| 17. Round | 02/02/2003 | Panionios GSS | - | Aris Saloniki | 1:0 | ||||
| 18. Round | 09/02/2003 | Panachaiki GE | - | Panionios GSS | 0:2 | |
|||
| 19. Round | 16/02/2003 | Iraklis Saloniki | - | Panionios GSS | 3:1 | ||||
| 20. Round | 22/02/2003 | Panionios GSS | - | AO Egaleo | 1:0 | ||||
| 21. Round | 01/03/2003 | PAS Giannina | - | Panionios GSS | 1:2 | ||||
| 23. Round | 15/03/2003 | Skoda Xanthi | - | Panionios GSS | 0:1 | ||||
| 24. Round | 23/03/2003 | Panionios GSS | - | GS Kallithea | 2:0 |  |
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| 25. Round | 06/04/2003 | OFI Heraklion | - | Panionios GSS | 1:1 | ||||
| 26. Round | 13/04/2003 | Panionios GSS | - | Olympiakos Piraeus | 0:0 | ||||
| 27. Round | 20/04/2003 | Panionios GSS | - | Akratitos Liosion | 1:1 | ||||
| 28. Round | 03/05/2003 | PAOK Saloniki | - | Panionios GSS | 3:0 | ||||
| 29. Round | 10/05/2003 | Panionios GSS | - | AO Proodeftiki | 2:0 | ||||
| 30. Round | 25/05/2003 | AEK Athen | - | Panionios GSS | 4:2 |
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