| 2. Round | 16/07/2016 | Sibir Novosibirsk | - | FK Tosno | 0:1 |  |
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| 3. Round | 23/07/2016 | FK Tosno | - | Mordovia Saransk | 1:0 | ||||
| 4. Round | 27/07/2016 | Kuban Krasnodar (1928-2018) | - | FK Tosno | 1:1 | |
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| 5. Round | 31/07/2016 | FK Tosno | - | Fakel Voronezh | 3:1 | ||||
| 6. Round | 06/08/2016 | Sokol Saratov | - | FK Tosno | 1:2 | ||||
| 7. Round | 13/08/2016 | FK Tosno | - | Shinnik Yaroslavl | 0:0 | ||||
| 8. Round | 17/08/2016 | FK Tyumen | - | FK Tosno | 1:2 | ||||
| 9. Round | 21/08/2016 | FK Tosno | - | Enisey Krasnoyarsk | 1:2 | |
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| 10. Round | 28/08/2016 | Dinamo Moskva | - | FK Tosno | 0:1 | |
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| 25. Round | 08/03/2017 | Shinnik Yaroslavl | - | FK Tosno | 0:0 | ||||
| 26. Round | 12/03/2017 | FK Tosno | - | FK Tyumen | 2:2 |  |
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| 27. Round | 19/03/2017 | Enisey Krasnoyarsk | - | FK Tosno | 0:1 | ||||
| 29. Round | 01/04/2017 | Baltika Kaliningrad | - | FK Tosno | 0:2 | ||||
| 30. Round | 08/04/2017 | FK Tosno | - | Zenit St. Petersburg 2 | 4:1 | |
|
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| 31. Round | 12/04/2017 | Volgar Astrakhan | - | FK Tosno | 0:1 | |
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| 32. Round | 17/04/2017 | FK Tosno | - | Spartak Nalchik | 0:0 |
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