| 2. Round | 03/09/2012 | Atromitos | - | PAOK Saloniki | 1:0 |  |
|||
| 3. Round | 16/09/2012 | PAOK Saloniki | - | Asteras Tripolis | 2:1 | ||||
| 15. Round | 17/12/2012 | PAS Giannina | - | PAOK Saloniki | 1:3 | ||||
| 16. Round | 06/01/2013 | Panthrakikos | - | PAOK Saloniki | 1:4 | ||||
| 17. Round | 13/01/2013 | PAOK Saloniki | - | Atromitos | 0:0 | ||||
| 18. Round | 19/01/2013 | Asteras Tripolis | - | PAOK Saloniki | 1:0 | ||||
| 20. Round | 03/02/2013 | Aris Saloniki | - | PAOK Saloniki | 2:2 | ||||
| 21. Round | 09/02/2013 | PAOK Saloniki | - | OFI Heraklion | 3:1 | ||||
| 23. Round | 23/02/2013 | PAOK Saloniki | - | AO Kerkyra | 3:1 | ||||
| 24. Round | 03/03/2013 | PAOK Saloniki | - | Panionios GSS | 4:2 | ||||
| 26. Round | 17/03/2013 | PAOK Saloniki | - | Panathinaikos | 2:0 | ||||
| 27. Round | 31/03/2013 | Olympiakos Piraeus | - | PAOK Saloniki | 0:0 | ||||
| 28. Round | 06/04/2013 | PAOK Saloniki | - | Veria FC | 2:0 |
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