| 1. Round | 03/07/2016 | Jaguares de Córdoba | - | Fortaleza FC | 1:0 | ||||
| 2. Round | 09/07/2016 | Fortaleza FC | - | Águilas Doradas | 2:1 | ||||
| 3. Round | 14/07/2016 | Deportes Tolima | - | Fortaleza FC | 0:0 | ||||
| 4. Round | 16/07/2016 | Fortaleza FC | - | Deportivo Cali | 0:2 |  |
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| 5. Round | 24/07/2016 | Fortaleza FC | - | Atlético Nacional | 0:1 | ||||
| 6. Round | 02/08/2016 | Once Caldas | - | Fortaleza FC | 3:0 | ||||
| 7. Round | 06/08/2016 | Fortaleza FC | - | Boyacá Chicó | 2:1 | ||||
| 8. Round | 14/08/2016 | Millonarios | - | Fortaleza FC | 3:2 | ||||
| 10. Round | 27/08/2016 | La Equidad | - | Fortaleza FC | 2:2 | ||||
| 11. Round | 11/09/2016 | Atlético Junior | - | Fortaleza FC | 1:2 | |
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| 12. Round | 15/09/2016 | Fortaleza FC | - | Envigado FC | 1:2 |  |
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| 14. Round | 24/09/2016 | Fortaleza FC | - | La Equidad | 1:1 | ||||
| 15. Round | 30/09/2016 | Atlético Huila | - | Fortaleza FC | 2:1 | ||||
| 16. Round | 15/10/2016 | Fortaleza FC | - | Independiente Medellín | 2:1 | |
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| 20. Round | 20/11/2016 | Fortaleza FC | - | Alianza Petrolera | 1:0 | |
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