| 1. Round | 15/05/2016 | FBC Melgar | - | Universidad Técnica | 1:1 |  |
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| 4. Round | 28/05/2016 | Juan Aurich | - | FBC Melgar | 1:1 | ||||
| 5. Round | 30/06/2016 | FBC Melgar | - | Universitario de Deportes | 5:2 | ||||
| 6. Round | 03/07/2016 | Defensor La Bocana | - | FBC Melgar | 2:2 |  |
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| 7. Round | 06/07/2016 | FBC Melgar | - | Sport Huancayo | 1:2 | ||||
| 8. Round | 10/07/2016 | FBC Melgar | - | Universidad San Martín | 1:0 | ||||
| 9. Round | 16/07/2016 | Deportivo Municipal | - | FBC Melgar | 1:0 | ||||
| 10. Round | 20/07/2016 | FBC Melgar | - | Comerciantes Unidos | 3:2 | ||||
| 11. Round | 23/07/2016 | Real Garcilaso | - | FBC Melgar | 1:2 | ||||
| 13. Round | 04/08/2016 | Alianza Lima | - | FBC Melgar | 2:1 | |
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| 15. Round | 14/08/2016 | Unión Comercio | - | FBC Melgar | 3:1 |
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