| 3. Round | 12/09/2016 | AE Lárissa | - | AEP Iraklis FC | 2:2 | ||||
| 4. Round | 18/09/2016 | AO Kerkyra | - | AE Lárissa | 2:0 | ||||
| 5. Round | 25/09/2016 | AE Lárissa | - | Olympiakos Piraeus | 1:0 | ||||
| 6. Round | 01/10/2016 | Levadiakos | - | AE Lárissa | 1:1 |  |
|||
| 14. Round | 10/12/2016 | Xanthi FC | - | AE Lárissa | 1:0 | ||||
| 15. Round | 18/12/2016 | AE Lárissa | - | Panathinaikos | 0:0 | ||||
| 29. Round | 23/04/2017 | AE Lárissa | - | Xanthi FC | 1:0 |
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