| 1. Round | 22/08/2009 | Aris Saloniki | - | Atromitos | 1:0 | ||||
| 2. Round | 30/08/2009 | Atromitos | - | AEK Athen | 0:1 | ||||
| 3. Round | 12/09/2009 | AE Lárissa | - | Atromitos | 2:2 | ||||
| 4. Round | 19/09/2009 | AO Kavala | - | Atromitos | 2:1 | ||||
| 5. Round | 27/09/2009 | Atromitos | - | PAOK Saloniki | 0:0 | ||||
| 6. Round | 05/10/2009 | Panionios GSS | - | Atromitos | 2:1 |  |
|||
| 7. Round | 18/10/2009 | Atromitos | - | Levadiakos | 3:0 | ||||
| 8. Round | 24/10/2009 | Asteras Tripolis | - | Atromitos | 1:2 | ||||
| 9. Round | 31/10/2009 | Atromitos | - | Olympiakos Piraeus | 0:1 | ||||
| 10. Round | 08/11/2009 | Atromitos | - | Ergotelis | 0:0 | ||||
| 17. Round | 10/01/2010 | AEK Athen | - | Atromitos | 3:3 | ||||
| 18. Round | 17/01/2010 | Atromitos | - | AE Lárissa | 2:1 | ||||
| 20. Round | 30/01/2010 | PAOK Saloniki | - | Atromitos | 1:0 | ||||
| 23. Round | 21/02/2010 | Atromitos | - | Asteras Tripolis | 0:0 | |
|||
| 24. Round | 28/02/2010 | Olympiakos Piraeus | - | Atromitos | 2:0 | ||||
| 25. Round | 07/03/2010 | Ergotelis | - | Atromitos | 1:1 | |
|||
| 26. Round | 13/03/2010 | Atromitos | - | Iraklis Saloniki | 2:1 | ||||
| 27. Round | 21/03/2010 | PAS Giannina | - | Atromitos | 1:0 | |
|||
| 28. Round | 28/03/2010 | Atromitos | - | Panathinaikos | 0:3 | |
|||
| 30. Round | 18/04/2010 | Atromitos | - | Panthrakikos | 3:1 |
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