| 3. Round | 05/08/2016 | CS Petrocub | - | Dinamo-Auto | 3:1 | ||||
| 4. Round | 13/08/2016 | CF Ungheni | - | CS Petrocub | 0:2 | ||||
| 5. Round | 21/08/2016 | CS Petrocub | - | FC Saxan | 2:1 | ||||
| 8. Round | 16/09/2016 | FC Milsami | - | CS Petrocub | 5:0 | ||||
| 14. Round | 04/11/2016 | Dinamo-Auto | - | CS Petrocub | 0:1 | ||||
| 25. Round | 31/03/2017 | CS Petrocub | - | FC Saxan | 1:0 | ||||
| 26. Round | 04/04/2017 | CF Ungheni | - | CS Petrocub | 0:4 | ||||
| 27. Round | 09/04/2017 | CS Petrocub | - | FC Milsami | 3:1 | ||||
| 28. Round | 15/04/2017 | FC Zaria | - | CS Petrocub | 2:1 | ||||
| 30. Round | 30/04/2017 | Dacia Chişinău | - | CS Petrocub | 1:0 | ||||
| 29. Round | 03/05/2017 | CS Petrocub | - | FC Sheriff | 0:2 | ||||
| 32. Round | 12/05/2017 | FC Academia UTM | - | CS Petrocub | 0:0 |  |
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