| 15. Round | 15/06/2016 | FK Žalgiris | - | FK Trakai | 3:1 | ||||
| 16. Round | 24/06/2016 | FC Stumbras | - | FK Žalgiris | 0:5 |  |
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| 18. Round | 23/07/2016 | Utenis Utena | - | FK Žalgiris | 2:4 | |
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| 19. Round | 27/07/2016 | FK Žalgiris | - | FK Jonava | 4:1 | |
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| 20. Round | 02/08/2016 | FK Atlantas | - | FK Žalgiris | 0:1 | |
 |
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| 21. Round | 11/08/2016 | FK Žalgiris | - | Kauno Žalgiris | 3:1 | |
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| 22. Round | 17/08/2016 | FK Trakai | - | FK Žalgiris | 1:2 | |
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| 23. Round | 24/08/2016 | FK Žalgiris | - | FC Stumbras | 3:1 | ||||
| 17. Round | 28/08/2016 | FK Žalgiris | - | FK Sūduva | 4:1 | |
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| 24. Round | 07/09/2016 | FK Sūduva | - | FK Žalgiris | 0:0 | ||||
| 25. Round | 15/09/2016 | FK Žalgiris | - | Utenis Utena | 2:1 | ||||
| 26. Round | 20/09/2016 | FK Jonava | - | FK Žalgiris | 0:4 | ||||
| 27. Round | 01/10/2016 | FK Žalgiris | - | FK Atlantas | 0:1 | ||||
| 28. Round | 16/10/2016 | Kauno Žalgiris | - | FK Žalgiris | 0:2 |
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