| 1. Round | 26/08/2012 | PAOK Saloniki | - | Panthrakikos | 1:0 | ||||
| 2. Round | 03/09/2012 | Atromitos | - | PAOK Saloniki | 1:0 | ||||
| 3. Round | 16/09/2012 | PAOK Saloniki | - | Asteras Tripolis | 2:1 | ||||
| 4. Round | 22/09/2012 | Skoda Xanthi | - | PAOK Saloniki | 0:3 | ||||
| 8. Round | 27/10/2012 | AO Kerkyra | - | PAOK Saloniki | 0:0 | ||||
| 9. Round | 04/11/2012 | Panionios GSS | - | PAOK Saloniki | 1:2 | ||||
| 11. Round | 18/11/2012 | Panathinaikos | - | PAOK Saloniki | 2:0 |  |
|||
| 13. Round | 02/12/2012 | Veria FC | - | PAOK Saloniki | 0:0 | ||||
| 15. Round | 17/12/2012 | PAS Giannina | - | PAOK Saloniki | 1:3 | ||||
| 16. Round | 06/01/2013 | Panthrakikos | - | PAOK Saloniki | 1:4 |  |
|||
| 17. Round | 13/01/2013 | PAOK Saloniki | - | Atromitos | 0:0 |
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