| 1. Round | 08/01/2012 | Deportivo Guadalajara | - | Atlante | 0:1 | ||||
| 3. Round | 22/01/2012 | Puebla FC | - | Atlante | 1:2 | ||||
| 4. Round | 29/01/2012 | Atlante | - | Cruz Azul | 2:2 | ||||
| 10. Round | 11/03/2012 | Atlante | - | Atlas Guadalajara | 0:0 |  |
|||
| 11. Round | 18/03/2012 | CF Pachuca | - | Atlante | 3:2 | ||||
| 12. Round | 25/03/2012 | Club San Luis | - | Atlante | 2:3 | ||||
| 13. Round | 01/04/2012 | Atlante | - | Jaguares Chiapas | 2:2 |  |
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| 16. Round | 21/04/2012 | Monarcas Morelia | - | Atlante | 1:1 | ||||
| 17. Round | 29/04/2012 | Atlante | - | CF Monterrey | 0:3 |
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