| 4. Round | 19/09/1998 | Ionikos Nikea | - | AO Kavala | 4:2 |  |
|||
| 5. Round | 25/09/1998 | Panathinaikos | - | Ionikos Nikea | 2:1 | ||||
| 6. Round | 03/10/1998 | Ionikos Nikea | - | Ethnikos Piraeus | 5:0 | ||||
| 7. Round | 24/10/1998 | Iraklis Saloniki | - | Ionikos Nikea | 2:1 | ||||
| 8. Round | 31/10/1998 | Ionikos Nikea | - | Skoda Xanthi | 0:1 | |
|||
| 16. Round | 22/01/1999 | AO Proodeftiki | - | Ionikos Nikea | 0:0 | |
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| 19. Round | 13/02/1999 | Panionios GSS | - | Ionikos Nikea | 0:2 | ||||
| 21. Round | 27/02/1999 | AO Kavala | - | Ionikos Nikea | 1:3 | ||||
| 25. Round | 03/04/1999 | Skoda Xanthi | - | Ionikos Nikea | 2:2 | |
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| 29. Round | 08/05/1999 | Ionikos Nikea | - | Panelefsiniakos Elefsinas | 3:0 | ||||
| 30. Round | 11/05/1999 | Veria FC | - | Ionikos Nikea | 0:2 | ||||
| 31. Round | 15/05/1999 | Ionikos Nikea | - | OFI Heraklion | 2:0 | ||||
| 32. Round | 18/05/1999 | Paniliakos Pyrgos | - | Ionikos Nikea | 1:4 | ||||
| 33. Round | 22/05/1999 | Ionikos Nikea | - | AO Proodeftiki | 2:0 | ||||
| 34. Round | 29/05/1999 | Ethnikos Asteras | - | Ionikos Nikea | 1:1 | |
Greece