| 1. Round | 02/07/2016 | Sanfrecce Hiroshima | - | Júbilo Iwata | 3:0 | ||||
| 2. Round | 09/07/2016 | Júbilo Iwata | - | RB Omiya Ardija | 1:1 |  |
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| 4. Round | 17/07/2016 | Júbilo Iwata | - | Kawasaki Frontale | 1:1 | ||||
| 5. Round | 23/07/2016 | Yokohama F. Marinos | - | Júbilo Iwata | 1:1 | ||||
| 6. Round | 30/07/2016 | Júbilo Iwata | - | Kashiwa Reysol | 1:2 | |
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| 7. Round | 06/08/2016 | FC Tokyo | - | Júbilo Iwata | 3:2 | |
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| 9. Round | 20/08/2016 | Júbilo Iwata | - | Sagan Tosu | 1:1 | |
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| 10. Round | 24/08/2016 | Avispa Fukuoka | - | Júbilo Iwata | 2:3 |  |
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| 11. Round | 10/09/2016 | Júbilo Iwata | - | Vissel Kobe | 3:4 | ||||
| 12. Round | 17/09/2016 | Kashima Antlers | - | Júbilo Iwata | 3:0 |  |
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| 17. Round | 03/11/2016 | Vegalta Sendai | - | Júbilo Iwata | 0:1 | |
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